Blenderでリアルタイムで色と凹凸が同時に付くのを見ながらテクスチャペイントして、Unityに持っていきます。
Texture Paintモードで、Viewport ShadingをMaterialに設定し、Add simple UVsをクリックします。
Tool Shelf -> Slotsで Add Texture Paint Slotから、Diffuse Colorを選択し、基本の色を設定してOKを押します。
プロパティのテクスチャの設定で、今追加したテクスチャを選択します。
InfluenceでColorとNormalにチェックされている状態で、テクスチャペイントします。
Tool Shelf -> Toolsのブラシで色を塗ると、色と同時に凹凸も描かれているのがわかります。
テクスチャのNormalの値を大きくすると凹凸が深くなります。
UV/Image Editorを見ると、テクスチャ画像が出来ているので、Image -> Save As Imageから画像を保存できます。
モデルもFBXファイルでエクスポートします。
それらをUnityでインポートし、新しいマテリアルも作ります。
テクスチャ画像を選択して、Ctrl + Dでコピーします。
一方の画像を選択し、インスペクタでタイプをNormal mapに設定し、Create from Grayscaleにチェックを入れます。Bumpinessで凹凸の深さを調節できます。Applyで適用します。
マテリアルを選択し、インスペクタで、普通の画像をAlbedoに、Normal mapタイプにした画像をNormal Mapにドラッグアンドドロップします。
インポートしてシーンに配置したモデルに、このマテリアルをドラッグアンドドロップすると、色と凹凸がついたCubeがUnityで完成します。