こちらのツイートの方法で体と頭のアーマチュアを結合してみました。
頭と体を別々のアーマチュアにペアレントしてウェイトを付けておきました。
位置を合わせました。
頭と体に同じ名前のボーンがあります。
このまま結合すると同じ名前のボーンと頂点グループが関連付けられるようです。
そこで頭の方のボーンと頂点グループを合わせて変更しました。
頭を選択して、アーマチュアモディファイアを適用しました。
頭→体の順にアーマチュアを同時選択して、Ctrl + Jで結合します。
頭→アーマチュアと同時選択して、Ctrl + P からWith Empty Groupsをクリックします。
すると、頭が下に移動してしまいました。Keep Transformのチェックを入れてもあまり変わりません。
チェックを入れた後にUndoしてもう一度やるとうまくいきました。
これでアーマチュアを結合できましたが、首を動かしても頭が付いてきません。
まだ、頭の親のボーンが設定されていませんでした。
編集モードで首のボーンの名前を確認します。
頭のボーンを選択して、Parentでこのボーンを選択すると動くようになります。さらにConnectedにチェックを入れると、ボーンの間の隙間がなくなります。
この後メッシュを結合しても問題ありませんでした。これで頭と体のアーマチュアを結合できました。